Каждой из трёх частей, обычно составляющих систему биоканализации, отводится значительная роль:
Главной задачей септика является задержка и накопление тяжёлых фракций сточной воды. В каждой из трех камер, составляющих септик, скорость потока проходящей через нее сточной воды постепенно снижается. Примеси и частицы, осаждённые под действием гравитации, необходимо откачивать дважды в год и, для дальнейшей утилизации, вывозить ассенизационным транспортом. При откачке, в септике оставляют 15% осадка для последующей «закваски».
В биофильтрах происходит доочистка стоков под воздействием микроорганизмов. Анаэробная очистка стоков биоактиватором (при отсутствии кислорода) позволяет осветлить и отстоять взвесь, удалить запах. Кассету следует промывать под струёй воды один раз в году. Добавку биоактиватора, нужно производить ежемесячно, пропорционально объёму септика. Сборный колодец представляет собой резервуар для прошедших очистку стоков, из которого автоматическим насосом происходит их откачка в грунтовый дренаж или ливневку.